アーキア(古細菌)ドメイン(Domain Archaea)
バクテリア(真正細菌)よりも真核生物に近縁な原核生物が所属します。メタン菌や好熱菌、好塩菌、好酸菌など、極限環境微生物が多く存在することで知られています。
3ドメイン説によれば、姉妹群は真核生物ドメイン(Eucarya)です(2ドメイン説(エオサイト説)については後述)。
和名は「古細菌」が使われることが多いですが、細菌(バクテリア)の仲間ではありません。「アーキア」「始原菌」も使われます。
アーキア(古細菌)ドメイン内の分類については、
- DPANN上門(Superphylum DPANN)
- (Unnamed)
- ユーリアーキオータ界(Kingdom Euryarchaeota)
- プロテオアーキオータ界(Kingdom Proteoarchaeota)
以上2界と所属界不明のDPANN上門に分けられる方法が有力です。(DPANN上門については、アーキア(古細菌)の中で最も初期に分岐したとする説が有力ですが、ユーリアーキオータ界に含まれる解析もあります)。
ユーリアーキオータ界(Kingdom Euryarchaeota)
ユーリ古細菌界。メタノバクテリウム、メタノコックス、メタノミクロビウム、ハロバクテリウム、テルモプラズマなどの仲間です。1門9綱を含みます。
好熱菌、好塩菌、好酸菌、メタン菌など、様々な生物が存在します。ユーリアーキオータの「ユーリ(Eury)」とは、幅広い環境に生息していることから「広い」を意味するギリシア語の「ευρυς(eurys)」に因んでいます。
姉妹群と推測されるプロテオアーキオータ界との形態的な差は乏しく、主に16S rRNA系統解析によって区別されています。
- ユーリアーキオータ門(Phylum Euryarchaeota)
- メタノバクテリウム綱(Class Methanobacteria)
- メタノコックス綱(Class Methanococci)
- メタノミクロビウム綱(Class Methanomicrobia)
- ハロバクテリウム綱(Class Halobacteria)
- テルモプラズマ綱(Class Thermoplasmata)
- アーケオグロブス綱(Class Archaeoglobi)
- メタノピルス綱(Class Methanopyri)
- テルモコックス綱(Class Thermococci)
- メタノナトロナルカエウム綱(Class Methanonatronarchaeia)
プロテオアーキオータ界(Kingdom Proteoarchaeota)
プロテオ古細菌界。クレンアーキオータ、タウムアーキオータなどTACK上門や、ロキアーキオータ、ヘイムダルアーキオータなどアスガルド古細菌上門の仲間です。2上門を含みます。
記載種はクレンアーキオータ門とタウムアーキオータ門の2門のみ(いずれもTACK上門)ですが、その他にも多数の系統が確認されていて、当サイトでは10門を認めます(あくまで暫定的です)。
(プロテオアーキオータの「プロテオ(Proteo)」とは、プロテオバクテリア(Proteobacteria)と同様、変幻自在に姿を変えるギリシア神話の神プロテウスに因んでいると推測されますが、確かな一次ソースが見つかりませんでした。)
姉妹群と推測されるユーリアーキオータ界との形態的な差は乏しく、主に16S rRNA系統解析によって区別されています。
TACK上門(Superphylum TACK)
クレンアーキオータ(Crenarchaeota)、タウムアーキオータ(Thaumarchaeota)、アイグアーキオータ(Aigarchaeota)、コルアーキオータ(Korarchaeota)などの仲間です。記載種はクレンアーキオータ門とタウムアーキオータ門の2門のみですが、その他の系統も見つかっていて、当サイトでは暫定的に6門を認めます。
上に挙げた4門の頭文字からTACKの名が付けられており、一般的に上門の階級が与えられています。別名フィルアーキオータ上門(Superphylum Filarchaeota)。姉妹群は恐らくアスガルド古細菌上門(Asgardarchaeota)です。
- クレンアーキオータ門(Phylum Crenarchaeota)
- タウムアーキオータ門(Phylum Thaumarchaeota)
- アイグアーキオータ門(Phylum Aigarchaeota)
- コルアーキオータ門(Phylum Korarchaeota)
- バテュアーキオータ門(Phylum Bathyarchaeota)
- ゲオアーキオータ門(Phylum Geoarchaeota)
クレンアーキオータ門(Phylum Crenarchaeota)
クレン古細菌門。クレンアーキオータ(テルモプロテウス)の仲間です。暫定的に1綱5目を認めます。
ユーリアーキオータ門同様、極限環境微生物を多く含みます。「クレン(Cren)」とは、「泉・源泉」を意味するギリシア語の「κρηνη(crene)」に因んでいます。
- テルモプロテウス綱(Class Thermoprotei)
タウムアーキオータ門(Phylum Thaumarchaeota)
タウム古細菌門。タウムアーキオータ(ニトロソスパエラ)の仲間です。暫定的に1綱4目を認めます。
比較的温和な環境に分布しています。「タウム(Thaum)」とは、「不思議な」を意味するギリシア語の「Θαύμας(thaumas)」に因んでいます。
- ニトロソスパエラ綱(Class Nitrososphaeria)
アスガルド古細菌上門(Superphylum Asgardarchaeota)
ロキアーキオータ、オーディンアーキオータ、トールアーキオータ、ヘイムダルアーキオータの仲間です。当サイトでは暫定的に4門を認めます。一般的に上門の階級が与えられています。
アスガルド(Asgard)とは、北欧神話における神々の住まう世界に因んでいます。なお、ロキ(Loki)、オーディン(Odin)、トール(Thor)、ヘイムダル(Heimdall)は北欧神話における神の名前です。姉妹群は恐らくTACK上門(TACK)です。
なお、2ドメイン説(2 Domain System)(エオサイト説(Eocyte hypothesis))によれば、当グループが最も真核生物に近縁だとされます。
- ロキアーキオータ門(Phylum Lokiarchaeota)
- オーディンアーキオータ門(Phylum Odinarchaeota)
- トールアーキオータ門(Phylum Thorarchaeota)
- ヘイムダルアーキオータ門(Phylum Heimdallarchaeota)
DPANN上門(Superphylum DPANN)
ディアフェロトリテス(Diapherotrites)、パルウアーキオータ(Parvarchaeota)、アエニグムアーキオータ(Aenigmarchaeota)、ナノ好塩古細菌(Nanohaloarchaeota)、ナノアーキオータ(Nanoarchaeota)などの仲間です。当サイトでは暫定的に6門を認めます。
上に挙げた5門の頭文字からDPANNの名が付けられており、分類階級を与える場合は上門とすることが多いです。
細胞サイズとゲノムサイズが非常に小さなことが特徴で、アーキア(古細菌)の中で最も初期に分岐したとする説が有力です。
- ディアフェロトリテス門(Phylum Diapherotrites)
- パルウアーキオータ門(Phylum Parvarchaeota)
- アエニグムアーキオータ門(Phylum Aenigmarchaeota)
- ナノ好塩古細菌門(Phylum Nanohaloarchaeota)
- ナノアーキオータ門(Phylum Nanoarchaeota)
- ミクル古細菌門(Phylum Micrarchaeota)